Rudolf II. se narodil roku 1552 ve Vídni

Ve dvanácti letech byl poslán se svým bratrem Arnoštem na výchovu do Španělska ke královskému dvoru jejich strýce Filipa II.

Na dvoře španělského krále se s Maxmiliánovými syny skutečně jako s následníky Filipa II. zacházelo. Měli například i svůj vlastní trůn, jehož hofmistrem byl Adam z Dietrichštejna. Zde se chlapcům dostalo bohatého vzdělání a zájmu o umění a přírodu.

Rudolf s Arnoštem se do Vídně vrátili až roku 1571, kdy místo nich byli posláni do Španělska dva nejmladší bratři spolu s jejich sestrou Annou, která se stala Filipovou čtvrtou manželkou.

Už ve svých 20 letech se  Rudolf II. stal uherským králem.

22. září 1575 byl korunován českým králem.

O měsíc později zajistil Maxmilián II. také Rudolfovo zvolení římským králem.

První léta vlády (1576-1583) nebyla zrovna nejjednodušší. 12. října 1576 zemřel Maxmilián II. a Rudolf se musel ujmout vlády a usídlit ve Vídni.

Roku 1578 se poprvé u Rudolfa II. ve větší míře projevila „melancholie“, byl podezřívavý, pociťoval odpor k veřejným jednáním, ceremoniálům a slavnostem.

Spory se členy rodiny byly také jeden z důvodů, proč se roku 1583 rozhodl přesídlit do Prahy.

Příchod císařského dvora znamenal pro Prahu zásadní změnu. Především bylo potřeba vybudovat důstojnou císařskou rezidenci na Pražském hradě, také se náhle přistěhoval značný počet příslušníků dvora a do nového sídelního města začali proudit i učenci a umělci i cizí vyslanci. Sídlili zde stálí vyslanci Francouzského krále, Španělska, Benátské republiky i papežského státu.

Rudolf se stahoval stále více do ústraní. Dokonce když roku 1593 vypukla další válka s Osmanskou říší, přenechal volnou ruku svým bratřím.

Stav císaře se nadále zhoršoval, zejména po roce 1597, k depresím se navíc začaly přidávat projevy syfilis, kterou se nakazil při svých častých erotických hrátkách.

Rudolf přestával věřit dokonce i svým rádcům a jeho stav ještě více zhoršovaly úvahy o jeho nástupci, které byly pochopitelné, protože císař neměl doposud žádného legitimního potomka

Po vyhnání rádců se Rudolfův dvůr rozkládal, vliv dostávalo obyčejné služebnictvo a císař rád naslouchal radám alchymistů a umělců,

Rudolf už na vše nestačil sám a nakonec s Matyášemuzavřel Libeňský mír, kterým se vláda v monarchii rozdělila. Matyáš získal Moravu, Rakousko a Uhry, zatímco Rudolfovi zůstaly Čechy, Slezsko a Horní a Dolní Lužice.

Z nastalé situace se snažily vytěžit také české stavy, které požadovaly zrušení Svatojakubského mandátu a uzákonění České konfese, proti čemuž se však postavila zejména katolická šlechta a katoličtí církevní hodnostáři. Nepokoje v Praze nakonec pohnuly Rudolfa k tomu, aby vydal 9. července 1609 Majestát, kterým povolil svobodu vyznání.  

Rudolf se nicméně se stávajícím stavem nesmířil a snažil se Matyášovi pomstít, v čemž ho vydatně podporoval Leopold Pasovský, který nakonec roku 1611 za Rudolfova souhlasu vtrhl do Čech. Nedostatek peněz však nakonec Leopolda Pasovského donutil se stáhnout, Jindřich Matyáš Thurn donutil Rudolfa k abdikaci a v Praze byl uvítán jako nový vládce Matyáš, který byl 23. května 1611 korunován českým králem.

Rudolfovi byl pak do jeho smrti přenechán v užívání Pražský hrad.

Kde 20. ledna 1612 zemřel.